Sinh ra ở Constantinopolis, Ioannes Kantakouzenos là con trai của Mikhael Kantakouzenos, thống đốc xứ Morea; Donald Nicol phỏng đoán rằng ông có thể đã được sinh ra sau cái chết của cha mình nên vừa mới chào đời trở thành đứa con duy nhất.[1] Với dòng máu của bà mẹ Theodora Palaiologina Angelina, ông là một hậu duệ của nhà Palaiologos đương thời.[2] Ông còn có mối quan hệ họ hàng với triều đại quân chủ qua vợ Eirene Asanina, một người em họ thứ hai của Hoàng đế Andronikos III Palaiologos.[3] Kantakouzenos trở thành một người bạn thân với Andronikos III và là một trong những người ủng hộ chính của mình trong cuộc xung đột giữa Andronikos và ông nội là Andronikos II Palaiologos. Nhân ngày lễ đăng quang của Andronikos III vào năm 1328, ông được giao phó trọng trách xử lý sự vụ trong triều. Đến khi Hoàng đế mất vào năm 1341, Ioannes Kantakouzenos bỗng được chỉ định làm nhiếp chính và người giám hộ của tân vương Ioannes V Palaiologos mới lên chín.

Ioannes vốn không có tham vọng độc chiếm ngôi vị và đã từ chối làm đồng hoàng đế dù mấy lần được Andronikos III Palaiologos mời gọi dưới thời trị vì sau này. Sau cái chết của hoàng đế, Ioannes lại từ chối lên ngôi và cứ nhất định cho rằng người thừa kế hợp pháp phải là Ioannes V, riêng mình sẽ nắm quyền kiểm soát hành chính của Đế quốc cho đến khi tân hoàng đế đủ tuổi trị vì. Bất chấp sự tận trung hết lòng của ông với vị hoàng đế trẻ tuổi và mẹ ngài là Hoàng hậu Anna xứ Savoy, tình bạn của Ioannes với tiên đế đã làm dấy lên cả sự ghen tị của Thượng phụ Constantinopolis và người bảo trợ cũ là Alexios Apokaukos, cùng sự hoang tưởng của hoàng hậu nghi ngờ ý định cướp ngôi của ông. Nhân lúc Ioannes Kantakouzenos rời Constantinopolis đi thị sát xứ Morea, kẻ thù của ông đã nắm lấy cơ hội này mà tôn phò Ioannes V làm hoàng đế và ra lệnh giải tán quân đội trung thành với Kantakouzenos. Khi tin tức lan truyền đến quân của ông đang đóng tại Didymoteichon ở Thracia, họ liền nổi dậy tôn Kantakouzenos làm hoàng đế. Kể từ đây đã đánh dấu sự bắt đầu của cuộc nội chiến giữa Ioannes Kantakouzenos và chế độ nhiếp chính ở Constantinopolis dẫn đầu bởi Anna xứ Savoy, Apokaukos và Thượng phụ.

Cuộc nội chiến xảy ra sau đó đã kéo dài đến tận sáu năm (1341-1347) mà các bên đều kêu gọi sự trợ giúp của các nước láng giềng như Serbia, Bulgaria và người Thổ Ottoman, thậm chí họ còn thuê cả lính đánh thuê đủ mọi hạng người tới Constantinopolis tham chiến. Tuy chủ yếu vẫn là sự trợ giúp của người Thổ Ottoman với thỏa thuận là nếu Ioannes VI Kantakouzenos kết thúc cuộc chiến này, Đế quốc Ottoman ít nhiều đều có lợi cho trong việc khuếch trương ảnh hưởng lên Đông La Mã.